EGEF funtsarekin batera finantzatutako laguntza-programetako inbertsio eta gastu hautagarriak, laguntza arautzen duen Oinarriei buruzko Aginduan jasotakoaz gain, araudi espezifikoari lotuta daude.
Aurrerago deskribatzen den Europako araudi aplikagarriaz gain, abenduaren 29ko HFP/1979/2016 Agindua ere aplikatzekoa da, zeinaren bidez onartzen baitira Eskualde Garapeneko Europako Funtsaren programa eragileen barruan diruz lagun daitezkeen gastuetarako arauak 2014-2020 aldirako. Bertan, gastuen hautagarritasunari buruzko arau orokorrak zehazten dira, EGEFek diruz lagundu ezin dituen gastuak zerrendatzen dira, beren kokapenaren arabera diruz lagun daitezkeen gastuei buruzko baldintza espezifikoak ezartzen dira, eta dirulaguntzei eta laguntza itzulgarriari aplikatu beharreko arauak aipatzen dira.