Les inversions i despeses elegibles dels programes d'ajudes cofinançats pel FEDER estan subjectes a normativa específica a més de la reflectida en l'Ordre de Bases reguladora de l'ajuda.
A més de la normativa europea d'aplicació que es descriu més endavant, és aplicable l'Ordre HFP/1979/2016, de 29 de desembre, per la qual s'aproven les normes sobre les despeses subvencionables dels programes operatius del Fons Europeu de Desenvolupament Regional per al període 2014-2020. En ella es detallen les normes generals sobre l'elegibilitat de les despeses, s'enumeren les despeses que no són subvencionables pel FEDER, s'estableixen les condicions específiques relatives a les despeses subvencionables en funció de la seva ubicació i es fa referència a les normes aplicables a les subvencions i a l'assistència reemborsable.