Las obrigas do operador beneficiario, nos casos de programas de axudas, veñen especificadas en varios documentos: a Orde de Bases reguladora da axuda, a Resolución da Convocatoria e a Resolución de Concesión. Entre as obrigas específicas por ser operador beneficiario dunha axuda cofinanciada polo FEDER existen obrigas:
- Ligadas á capacidade administrativa, financeira e contable
- En relación coa información e comunicaciónes
- En relación coa custodia da documentación
- En relación coa execución, seguimento, avaliación e control das operacións
- En relación coa fraude
- En relación coa normativa