Las obligaciones del operador beneficiario, en los casos de programas de ayudas, vienen especificadas en varios documentos: la Orden de Bases reguladora de la ayuda, la Resolución de la Convocatoria y la Resolución de Concesión. Entre las obligaciones específicas por ser operador beneficiario de una ayuda cofinanciada por el FEDER existen obligaciones:
- Ligadas a la capacidad administrativa, financiera y contable
- En relación con la información y comunicaciónes
- En relación con la custodia de la documentación
- En relación con la ejecución, seguimiento, evaluación y control de las operaciones
- En relación con el fraude
- En relación con la normativa