Las obligacions de l'operador beneficiari, en els casos de programes d'ajudes, vénen especificades en diversos documents: l'Ordre de Bases reguladora de l'ajuda, la Resolució de la Convocatòria i la Resolució de Concessió. Entre les obligacions específiques per ser operador beneficiari d'una ajuda cofinançada pel FEDER existeixen obligacions:
- Lligades a la capacitat administrativa, financera i comptable
- En relació amb la informació i comunicaciónes
- En relació amb la custòdia de la documentació
- En relació amb l'execució, seguiment, avaluació i control de les operacions
- En relació amb el frau
- En relació amb la normativa