Per acord de la Comissió Coordinadora d'Inspeccions Generals de Serveis s'ha elaborat un manual sobre Metodologia de les Auditories Funcionals que posa a la disposició de les Inspeccions de Serveis uns models estàndard d'actuació.
La guia metodològica d'Auditoria Funcional per a Inspectors de Serveis de l'Administració General de l'Estat, publicada al desembre de 2009, serveix d'instrument comú en els diferents Ministeris i en els seus Organismes públics dependents, sense perjudici de les especificitats de cada àmbit departamental.
En la guia es combinen l'estudi teòric sobre l'auditoria de funcionament, com a control intern de les organitzacions des d'una visió integral de les unitats administratives, i l'enfocament pràctic dirigit cap a l'execució d'un pla d'actuació inspectora.
De manera seqüenciada es recullen les diferents fases en la planificació i desenvolupament d'una auditoria funcional i es complementa el treball amb dos annexos. El primer annex presenta un guió d'auditoria funcional i el segon annex descriu algunes de les freqüents tècniques d'obtenció de dades.